Fanno parte del CIMeC quattro laboratori nati in collaborazione con altri Dipartimenti dell'Università di Trento o come risultato di iniziative congiunte del CIMeC con enti e istituti di ricerca del territorio:
- Laboratorio di neurofisica (NPhys), in collaborazione con il Dipartimento di Fisica;
- Laboratorio di neuroinformatica (NILab), nato grazie a una collaborazione con la Fondazione Bruno Kessler;
- Laboratorio di neurobiologia e neuroecologia degli insetti (INN Lab), un laboratorio congiunto tra CIMeC e Fondazione Edmund Mach;
- Laboratorio di etologia ed evoluzione biologica (EEE Lab), nato grazie ad una collaborazione con il Museo Civico di Rovereto, all'interno del Laboratorio di Cognizione Animale e Neuroscienze (ACN).